W skład Zespołu wchodzą następujące jednostki organizacyjne:
1) Szpital im. Siostry Marii Merkert w Nysie,
2) Ratownictwo Medyczne,
3) Zakład Diagnostyki Laboratoryjnej,
4) Zakład Diagnostyki Obrazowej,
5) Przychodnia Specjalistyczna,
6) Zakład Opiekuńczo-Leczniczy,
7) Zakład Rehabilitacji Leczniczej.
Oddziały Szpitalne
- Szpitalny Oddział Ratunkowy
- Anestezjologii i Intensywnej Terapii ( II poziom referencyjny)
- Ginekologiczno – Położniczy ( II poziom referencyjny)
- Neonatologii z Pododdziałem Patologii Noworodka ( II poziom referencyjny)
- Neurologiczny z pododdziałem Udarowym
- Okulistyczny
- Obserwacyjno - Zakaźny
- Chirurgii Urazowo Ortopedycznej
- Kliniczny Chirurgii Ogólnej z Pododdziałem Klinicznym Chirurgii Naczyniowej
- Urologiczny
- Chorób Wewnętrznych A
- Chorób Wewnętrznych B
- Laryngologiczny
- Dziecięcy
- Dzienny Oddział Psychiatryczny
Poradnie specjalistyczne:
- Poradnia przy Oddziale Obserwacyjno-Zakaźnym
- Poradnia Urologiczna
- Poradnia Reumatologiczna
- Poradnia Okulistyczna
- Poradnia Leczenia Bólu
- Poradnia Laryngologiczna
- Poradnia Gastroenterologiczna
- Poradnia Endokrynologiczna
- Poradnia dla Kobiet w Nysie
- Poradnia Cukrzycowa
- Poradnia Chirurgii Urazowo - Ortopedycznej
- Poradnia Chirurgii Ogólnej
- Poradnia Neurologiczna
- Poradnia Chirurgiczna w Paczkowie
- Poradnia dla Kobiet w Paczkowie
Zakłady diagnostyczne:
- Zakład Diagnostyki Laboratoryjnej
- Zakład Diagnostyki Obrazowej
- Pracownie Diagnostyki Endoskopowej
ZOL w Paczkowie:
- Zakład Opiekuńczo Leczniczy
Poradnie specjalistyczne w Paczkowie:
- Poradnia dla Kobiet
- Poradnia Chirurgiczna
- Gabinet Rehabilitacyjny